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Aspera使用指南,如何操作Aspera工具?

Aspera使用方法:安装软件,配置服务器与客户端,使用命令行或图形界面传输文件。

Aspera是一款高速文件传输工具,以下是其使用方法的详细步骤:

1、安装与配置

下载安装

Windows系统:访问Aspera官网(asperasoft.com),下载适用于Windows的安装程序,运行安装程序,按照提示完成安装,过程中可选择典型或自定义安装。

Linux系统:使用wget命令下载Linux版本的安装包,例如wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/092u0/0/ibm-aspera-connect-3.10.0.180973-linux-g2.12-64.tar.gz,然后解压并运行安装脚本sh ibm-aspera-connect-3.10.0.180973-linux-g2.12-64.sh

环境变量配置

Windows系统:在“我的电脑”上右键点击“属性”,选择“高级系统设置”,在“环境变量”中,新建变量名“ASPERA_SCP_PASS”,值为Aspera安装目录下的私钥文件路径(如C:UsersAdministratorAppDataLocalProgramsIBMAspera Connectetcasperaweb_id_dsa.openssh);然后将Aspera安装目录下的bin文件夹路径添加到系统的Path环境变量中。

Linux系统:编辑~/.bashrc文件,添加export PATH=~/.aspera/connect/bin/:$PATH,保存后执行source ~/.bashrc使环境变量生效。

2、基本命令使用

ascp命令:这是Aspera用于文件传输的核心命令,可在命令行中输入ascp -h查看帮助文档,了解其各种参数和用法。

Aspera使用指南,如何操作Aspera工具?

常用参数

-i:指定私钥文件,用于身份验证,例如-i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh

-l:设置最大传输速度,如-l 100M表示限制最大传输速度为100MB/s。

-T:禁用加密传输,若不添加此参数,在某些网络环境下可能无法正常下载。

--host:指定FTP的主机名,如NCBI的为ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov,EBI的为fasp.sra.ebi.ac.uk

--user:指定用户名,NCBI的为anonftp,EBI的为era-fasp

--mode:选择传输模式,上传为send,下载为recv

Aspera使用指南,如何操作Aspera工具?

3、数据下载示例

从NCBI下载数据:假设要下载NCBI上的某个数据库文件,可使用以下命令ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 100M -k 1 -T anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/refseq/release/viral/viral.2.1.genomic.fna.gz ./,该命令会将指定路径的文件下载到当前目录下的指定文件中。

从EBI下载数据:若要下载EBI网站上的数据,命令格式类似,如ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 100M -T -P 33001 fasp-g1k@fasp.1000genomes.ebi.ac.uk:vol1/ftp/release/20100804/ALL.2of4intersection.20100804.genotypes.vcf.gz ./

批量下载数据:先将要下载的文件路径放入一个文本文件(如file.lst)中,每行一个文件路径,然后使用命令ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 100M -T -k 1 --mode recv --host ftp.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp --file-list file.lst ./进行批量下载。

4、注意事项

确保网络连接稳定,因为Aspera虽然传输速度快,但仍受网络带宽和稳定性的影响。

部分网站可能对Aspera的使用有限制或要求特定的权限设置,需根据具体情况进行操作。

Aspera使用指南,如何操作Aspera工具?

在使用公共网络时,注意数据传输的安全性,避免敏感信息泄露。

相关问答FAQs

1、问:Aspera安装完成后无法正常使用,提示找不到ascp命令,怎么办?

:这可能是由于环境变量没有正确配置导致的,请检查是否正确将Aspera安装目录下的bin文件夹路径添加到了系统的Path环境变量中(Windows系统)或是否正确设置了PATH环境变量(Linux系统),如果环境变量设置正确,但还是无法找到ascp命令,可能是安装过程中出现了问题,建议重新安装Aspera。

2、问:使用Aspera下载数据时,速度很慢甚至下载失败,是什么原因?

:可能有以下原因及解决方法:一是网络问题,检查网络连接是否稳定,尝试更换网络环境;二是服务器限制,部分服务器可能对并发连接数或下载速度有限制,可尝试调整Aspera的参数,如减小最大传输速度等;三是防火墙或安全软件阻止,确保防火墙或安全软件允许Aspera的相关端口和进程通过;四是Aspera版本问题,某些低版本的Aspera可能存在兼容性问题,可尝试更新到最新版本。