如何高效实现CSR存储格式的转换?
- 行业动态
- 2025-01-27
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### CSR存储格式的转换,,CSR(Compressed Sparse Row)是一种用于稀疏矩阵的存储格式,将非零元素及其位置信息存储在三个一维数组中,包括values、column_indices和row_ptr。这种格式通过行优先遍历矩阵,压缩存储非零元素,提高存储和计算效率。
CSR(Compressed Sparse Row)存储格式是一种用于高效存储稀疏矩阵的格式,特别适合于行向量操作,如矩阵-向量乘法,下面将详细介绍CSR存储格式的转换过程,包括从COO(Coordinate Format)到CSR的转换,以及相关的实现细节和示例代码。
一、CSR存储格式
CSR格式通过三个数组来存储稀疏矩阵:
1、row_ptr:存储每行非零元素的开始位置。
2、col_ind:存储非零元素的列索引。
3、data:存储非零元素的数值。
二、从COO转换到CSR的步骤
COO(Coordinate List)格式是另一种常见的稀疏矩阵存储格式,它通过三个数组存储非零元素的位置和数值:
1、row:存储非零元素的行索引。
2、col:存储非零元素的列索引。
3、data:存储非零元素的数值。
排序行索引
需要对COO格式的数据进行排序,以确保所有相同行的元素在一起,这可以使用常见的排序算法,如快速排序或归并排序,排序的目的是让数据在转换过程中更容易处理。
构造行指针数组
在CSR格式中,row_ptr数组用于指示每行的非零元素在data数组中的起始位置,为了构造这个数组,我们需要遍历排序后的行索引数组,记录每行的非零元素数量。
重新排序列索引和数值数组
在排序行索引之后,我们需要相应地重新排列列索引和数值数组,以确保它们与新的行顺序一致。
三、C语言实现从COO转换到CSR
以下是一个使用C语言实现从COO转换到CSR的示例代码:
#include <stdio.h> #include <stdlib.h> // COO格式的稀疏矩阵 typedef struct { int *row; int *col; double *data; int nnz; // 非零元素的数量 int rows; // 矩阵的行数 int cols; // 矩阵的列数 } COOMatrix; // CSR格式的稀疏矩阵 typedef struct { int *row_ptr; int *col_ind; double *data; int nnz; int rows; int cols; } CSRMatrix; // 比较函数,用于qsort int compare(const void *a, const void *b) { int row_a = *((int*)a); int row_b = *((int*)b); return row_a row_b; } // 排序COO格式的行索引 void sort_coo(COOMatrix *coo) { int *row_copy = (int*)malloc(coo->nnz * sizeof(int)); int *col_copy = (int*)malloc(coo->nnz * sizeof(int)); double *data_copy = (double*)malloc(coo->nnz * sizeof(double)); // 复制原始数组 for (int i = 0; i < coo->nnz; i++) { row_copy[i] = coo->row[i]; col_copy[i] = coo->col[i]; data_copy[i] = coo->data[i]; } // 排序 qsort(row_copy, coo->nnz, sizeof(int), compare); // 重新排列col和data数组 for (int i = 0; i < coo->nnz; i++) { for (int j = 0; j < coo->nnz; j++) { if (row_copy[i] == coo->row[j]) { coo->col[i] = col_copy[j]; coo->data[i] = data_copy[j]; break; } } } // 更新row数组 for (int i = 0; i < coo->nnz; i++) { coo->row[i] = row_copy[i]; } free(row_copy); free(col_copy); free(data_copy); } // 从COO转换为CSR的函数 CSRMatrix* coo_to_csr(COOMatrix *coo) { CSRMatrix *csr = (CSRMatrix*)malloc(sizeof(CSRMatrix)); csr->rows = coo->rows; csr->cols = coo->cols; csr->nnz = coo->nnz; csr->row_ptr = (int*)malloc((csr->rows + 1) * sizeof(int)); csr->col_ind = (int*)malloc(csr->nnz * sizeof(int)); csr->data = (double*)malloc(csr->nnz * sizeof(double)); // 初始化row_ptr数组 for (int i = 0; i <= csr->rows; i++) { csr->row_ptr[i] = 0; } // 统计每行的非零元素数量 for (int i = 0; i < coo->nnz; i++) { csr->row_ptr[coo->row[i] + 1]++; } // 累加row_ptr数组 for (int i = 0; i < csr->rows; i++) { csr->row_ptr[i + 1] += csr->row_ptr[i]; } // 填充col_ind和data数组 for (int i = 0; i < coo->nnz; i++) { int row = coo->row[i]; int dest_index = csr->row_ptr[row]; csr->col_ind[dest_index] = coo->col[i]; csr->data[dest_index] = coo->data[i]; csr->row_ptr[row]++; } // 调整最后一个元素的row_ptr为总的非零元素数 csr->row_ptr[csr->rows] = csr->nnz; return csr; }
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